Universitas Indonesia Timur didirikan pada tanggal 5 Juli 2001 berdasarkan SK Nomor : 78/D/O/2001 oleh Menteri Pendidikan Nasional RI. Dan pada tahun 2002 menambah 5 program studi berdasarkan SK nomor 912/D/T/2002 oleh Dirjen Dikti. Jadi Fakultas yang dikelola oleh UIT adalah: Fakultas Kesehatan Masyarakat, Fakultas Farmasi, Fakultas Pertanian, Fakultas Sosial Politik, Fakultas Hukum, Fakultas Ekonomi, Fakultas Psikologi, Fakultas Agama Islam, Fakultas Keperawatan, Fakultas Ilmu Komputer, Program D3 Anakes, Program D3 Kebidanan, Program D4 Kebidanan dan Program Pascasarjana.
Sepanjang sejarahnya UIT telah dipimpin oleh Rektor :
- Prof. Dr. dr. Ruslim Ngatimin
- Prof. Dr. H. Abd. Muin Salim
- Prof. Dr. Baso Amang, M.Si
- Prof. Dr. Abd. Rahman. SH., MH
- Prof. Dr. Muhammad Basri Wello, MA
- Dr. Andi Maryam, SKM., S.ST., M.Kes